肃州区辖15个乡镇，4个街道办事处，21个社区。

其中14个镇、1个乡（民族乡）：西洞镇、清水镇、总寨镇、金佛寺镇、上坝镇、三墩镇、银达镇、西峰镇、泉湖镇、果园镇、东洞镇、丰乐镇、下河清镇、铧尖镇、黄泥堡裕固族乡；

4个街道办事处：东南街街道办事处、东北街街道办事处、西南街街道办事处、西北街街道办事处。

21个社区：汉唐街南社区、南苑社区、东文化街社区、祁连路社区、民主街社区、北新街社区、仓后街社区、同德巷社区、西文化街社区、富康路社区、阳关路社区、解放路社区、飞天路社区、肃州路社区、东关苑社区、汉唐街北社区、金河社区、广厦社区、金泉路社区、官北沟社区、中深沟社区